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sábado, 1 de julio de 2017

¿Hay Diseño Inteligente en la Naturaleza? VII -4

7.2 No aleatoriedad del cambio evolutivo


LU (733.7) 65:3.1 Casi no será posible explicarle a la mente humana de hoy en día gran parte de los acontecimientos extraños y aparentemente grotescos del progreso evolutivo inicial. Un plan que suponía un propósito estaba funcionando durante toda esta evolución de lo viviente, al parecer extraña; y sin embargo, no se nos permite interferir arbitrariamente en el desarrollo de los modelos de vida una vez que se han puesto en funcionamiento.


Que las mutaciones fueron percibidas como al azar fue una suposición filosófica basada en el materialismo. Dado un supuesto materialista, no había manera concebible de que las mutaciones pudieran ser evocadas por el organismo porque eso implicaría previsión y planificación que son anatemas para cualquier materialista. También es probable que las mutaciones adaptativas, como se llaman los cambios intencionales, también violan el Dogma Central. El dogma central (representado en la ilustración de abajo) es la noción de que la información fluye de una manera de los genes a las proteínas y no a la otra.


Para los darwinistas, las mutaciones tienen que ser aleatorias. Si se demuestra que las mutaciones son evocadas por el organismo y en beneficio del organismo, entonces el neodarwinismo está efectivamente muerto. Y de hecho hay una gran cantidad de evidencia acumulando que las mutaciones no son aleatorias.

Una de las afirmaciones comunes, o pruebas que respaldan la noción de que la evolución procede por mutación aleatoria y selección natural, es que las bacterias se adaptan a los antibióticos. Pero lo que casi universalmente se descubre cuando las bacterias ganan resistencia es que el cambio que causa la resistencia, es una disminución de la información en lugar de una adición de información en el genoma. En otras palabras, normalmente una función, un producto de gen enzimático que estaba en su lugar se rompe debido a una mutación. Por lo tanto, una enzima que había bloqueado la capacidad de ganar resistencia ya no sirve como un impedimento.

Richard Lenski

Un ejemplo de esto es la investigación llevada a cabo por Richard Lenski, que fue proclamada como una resonante evidencia del neodarwinismo. Lenski estaba estudiando la capacidad de las bacterias E-coli para adaptarse a la alimentación de un nutriente diferente, el citrato.

El estudio citó la "nueva" capacidad de E-coli para alimentarse de citrato como evidencia de mutación aleatoria y selección. El problema es que E-coli ha tenido la capacidad de alimentarse con citrato pero normalmente no cuando hay oxígeno presente. La investigación mostró que el E-coli "evolucionó" para alimentarse de citrato, incluso cuando el oxígeno está presente después de un período prolongado de tiempo-25 años y 60.000 generaciones que es aproximadamente el equivalente a aproximadamente un millón de años de evolución humana. Pero en este caso la razón E- coli normalmente no se alimentan de citrato cuando el oxígeno está presente es porque hay un interruptor que reprime la enzima CitT que permiten el consumo de citrato cuando el oxígeno está presente. La mutación anuló el interruptor; No se creó ningún nuevo gen.

Además, cuando otro laboratorio dirigido por Scott Minnich, un científico de diseño inteligente que trabajaba en la Universidad de Idaho, trabajó en la reproducción de los resultados que encontraron que la "mutación" surgió después de unas pocas semanas y se produjo repetidamente. Este no es el tipo de resultado que uno esperaría del neodarwinismo. Según el neodarwinismo, la evolución es contingente. No se esperaría que las mutaciones al azar que ofrecieran un beneficio fueran comunes. El hecho de que la mutación ocurra con tanta frecuencia en un caso donde la necesidad de alimentarse con citrato era necesario, está más en línea con una inferencia de diseño ya que las mutaciones no parecen ser aleatorias. Las bacterias tienen la capacidad de adaptarse a alimentar en casi cualquier cosa. Esto por sí solo hace una fuerte inferencia de diseño.
James Shapiro descubrió la transposición en las bacterias. Shapiro era un amigo cercano de Barbara McClintock, la primera receptora femenina del Premio Nobel de biología y continuó su trabajo. He aquí un resumen de la opinión de Shapiro sobre la no aleatoriedad de la evolución:

"Es difícil (si no imposible) encontrar un operador de cambio de genoma que sea verdaderamente aleatorio en su acción dentro del ADN de la célula donde funciona. Todos los estudios cuidadosos de la mutagénesis encontrar estadísticamente significativos patrones no aleatorios  de cambio, y la secuencia del genoma estudios confirman distintos sesgos en la ubicación de diferentes móviles elementos genéticos ".

Sin embargo, como ya se ha señalado, la pregunta clave no es tanto si los cambios son verdaderamente aleatorios ... sino si son eventos fortuitos desde el punto de vista de la función. La evidencia es que tanto la velocidad como la localización del cambio en el genoma pueden influenciarse funcionalmente. [Mi énfasis en todo]

Luria-Delbruck

Hubo alguna evidencia experimental previa (antes de los experimentos de Lenski) que indicaba que las mutaciones eran aleatorias. Pero la evidencia según Shapiro "es notablemente delgada". Se basó en los experimentos realizados en 1943 por Luria-Delbruck que querían determinar si los virus podían inducir mutaciones. Los libros de texto presentan el famoso experimento Luria-Delbrück como la demostración definitiva de que las mutaciones deben ocurrir antes de la selección y por lo tanto son aleatorias.

Los experimentos utilizaron grupos separados de colonias de bacterias y las sometieron a infecciones virales letales. El equipo encontró que había un diferencial entre las colonias en términos del número de bacterias que sobrevivieron. Luria-Delbruck concluyó de esto que las mutaciones que permitieron la resistencia al virus debieron haber tomado lugar antes de la infección y que por lo tanto las mutaciones no fueron inducidas por virus; Tenían que haber estado presentes en grados variables en cada una de las colonias. Esto significaría que las mutaciones eran aleatorias; No habían sido evocados por la presencia del virus.

James Shapiro afirma que los resultados no podrían haber sido diferentes debido a la naturaleza letal de la infección por el virus. Aquí está el comentario de Shapiro sobre este famoso experimento:

"Dada la naturaleza letal del virus de selección utilizado por Luria y Delbrück, en realidad no había otro resultado posible. La infección era invariablemente letal, y sólo los mutantes resistentes preexistentes podían sobrevivir. Sin embargo, este experimento fue citado durante más de seis décadas como prueba de que la infección por el virus no podría inducir un cambio genético a la resistencia.

Hay que tener cuidado con la palabra "prueba" en la ciencia. Siempre dije que los evolucionistas convencionales colgaban un abrigo muy pesado en una clavija muy delgada como en el caso de Luria y Delbrück. La clavija se rompió en la primera década de este siglo. "

Cuando Shapiro dice que "la naturaleza letal de la selección de virus " no podría haber producido ningún otro resultado, él  quiere decir que todas las bacterias existentes que no tuvieron esa mutación que proporcionó resistencia, no podrían haber sobrevivido. Si las mutaciones pueden ser inducidas por la inteligencia dentro de una bacteria como resultado de los insultos ambientales, como afirma Shapiro, la bacteria tendría que haber tenido cierta capacidad de sobrevivir a la infección y llevar a cabo el mecanismo para invocar estas mutaciones. Pero no pudieron hacer esto dadas las severas condiciones de la prueba, "dada la naturaleza letal de la selección de virus".

Él continúa a elaborar sobre lo que él significa por el "peg se rompió en la primera década de este siglo." Asombrosamente bastante, resulta que las bacterias tienen una clase de banco de la memoria de infecciones pasadas en su DNA. Cuando ocurre una infección, la bacteria almacena parte de un virus en su ADN y por un mecanismo desconocido se activa cuando ocurre una infección viral similar para ofrecer resistencia. Este mecanismo desconocido implica algo llamado "pequeños ARN interferentes" que median la defensa contra los virus.

Continúa elaborando lo que quiere decir con la "clavija quebrada en la primera década de este siglo". Sorprendentemente, resulta que las bacterias tienen una especie de banco de memoria de infecciones pasadas en su ADN. Cuando una infección ocurre, las bacterias almacenan una parte de un virus en su ADN y por un mecanismo desconocido se activa cuando una infección viral similar ocurre para ofrecer resistencia. Este mecanismo desconocido implica algo llamado "RNAs interferente pequeño" que media la defensa contra el virus.

Conferencia de Shapiro en Fermilab

En 2010, el Dr. Shapiro dio una conferencia a una casa repleta en Fermilab. Según lo relatado por Perry Marshall, en su libro Evolution 2.0, que asistió a la conferencia, un pequeño grupo se amontonó alrededor de Shapiro después de la conferencia, "... le salpicó con preguntas." En un momento un asistente le preguntó a Shapiro de una manera incrédula. -¿Quieres decir que las mutaciones no son aleatorias? -preguntó. -No, señor -dijo Shapiro-, no son al azar en absoluto.

En las siguientes subsecciones vamos a ver ahora varias evidencias que han convencido al Dr. Shapiro, y muchos otros que han seguido la investigación actual, de que las mutaciones no son en realidad aleatorias. Parte de la evidencia es evidencia directa de observación durante la investigación de laboratorio y parte de la evidencia es circunstancial y se basa en la inferencia.

Las mutaciones, como los errores de copia del ADN siempre se supone que son el resultado de cosas como la radiación ultravioleta y la radiación ionizante, así como otros fenómenos físicos. Sin embargo, como señalan Shapiro y otros, los estudios de la mutación inducida por radiación en bacterias indican fuertemente que los sistemas de reparación celular son necesarios para casi todos los efectos mutacionales de la radiación ultravioleta y la gran mayoría de la radiación ionizante.

El neurocientífico de la Universidad del Sur de Illinois, David G. King, escribió recientemente:

"El dictamen despectivo" Las mutaciones son accidentes "se ha vuelto obsoleto ... la producción espontánea y no accidental de variación genética está profundamente arraigada en la arquitectura genómica".

La idea de que las mutaciones eran aleatorias persistió durante gran parte de las primeras décadas del neodarwinismo. Ahora se sabe, según lo declarado por Steve Talbott, New Atlantis que contribuye al redactor, y investigador mayor en la revista Nature,

"Ya no somos libres de imaginar que la evolución espera a que los" accidentes "golpeen a los genes de manera que proporcionen material nuevo para que la selección natural funcione. El genoma de cada organismo es activamente e insistentemente remodelado como expresión de su contexto.

Las secuencias genéticas se reescriben, se reorganizan, se duplican, se vuelven hacia atrás, se inventan desde cero y se revisan de una manera que prominentemente anuncia la habilidad del organismo en materia de cambio genómico ... ahora es indiscutible que el cambio genómico de todo tipo está arraigado en la notable "experiencia del organismo en su conjunto".

7.2.1 Epigenética

Dice el Libro de Urantia:



















(1138.5) 103:7.7 Lo que tanto la ciencia en desarrollo como la religión necesitan es una mirada más profunda y una autocrítica sin miedo, una mayor conciencia de la condición incompleta del estado evolutivo. Los maestros tanto de la ciencia como de la religión frecuentemente muestran demasiada autoconfianza y son excesivamente dogmáticos. La ciencia y la religión tan sólo pueden ser autocríticas de sus hechos. En cuanto uno se aleja de la etapa de los hechos, la razón abdica o bien degenera rápidamente en un consorte de lógica falsa.

2:9.1 (479.6) No es sólo la religión la que es dogmática; la tiende igualmente a dogmatizar. Cuando un famoso maestro religioso razonó que el número siete era fundamental en la naturaleza porque hay siete orificios en la cabeza humana, si hubiese conocido más química, podría haber defendido dicha creencia basándose en un fenómeno auténtico del mundo físico. En todos los universos físicos del tiempo y del espacio, a pesar de la manifestación universal de la constitución decimal de la energía, existe la señal siempre presente de la realidad de la organización electrónica séptuple de la premateria.

Hay dos dogmas o leyes en la biología evolutiva: 1) El dogma central que establece que el flujo de información en la célula es de ADN a ARN a proteínas y no a la inversa. Esto se afirma a menudo como el ADN hace que el ARN haga la proteína. 2) La Barrera de Weismann, a veces llamada Segunda Ley de biología evolutiva, establece que las células soma (cuerpo) están aisladas de las células de la línea germinal (sexo) de manera que cualquier efecto sobre las células soma no puede afectar a las células sexuales, los gametos

Había un naturalista francés, Jean-Baptiste Lamarck que trabajó a principios de 1800 y avanzó una teoría que los rasgos adquiridos podrían ser heredados. Él es famoso (o infame) por esta visión errónea. Un ejemplo comúnmente citado fue que el cuello de una jirafa se hizo largo porque estiraron el cuello para alcanzar las pocas hojas restantes en la parte superior de un árbol. El estiramiento fue heredado y transmitido a su progenie. Con el tiempo, cada cambio incremental fue heredado y les dio los cuellos más largos. Esto se llamaba evolución lamarckiana. El darwinismo, y específicamente el neodarwinismo, ha sido visto como el repudio final de la evolución lamarckiana. A lo largo de los últimos 60 años más o menos, si quería reírse en una cena con un grupo de biólogos evolucionistas, se podría contar una broma Larmarckiana de la evolución.

Aquí está la cosa realmente graciosa ... Lamarck estaba correcto aunque en un sentido más limitado que la historia de la jirafa indicaría. La epigenética, que los rasgos adquiridos pueden ser hereditarios, es quizás la más impresionante de todas las reversiones de las muchas inversiones que se han producido durante los últimos 20 años en la biología evolutiva. Estilos de vida que uno adopta puede afectar a la descendencia. La afirmación de la epigenética es que no toda la herencia está en los genes; Algunos rasgos se heredan que son más allá de la genética "epi". Curiosamente, el propio Darwin se volvió más lamarckiano en ediciones posteriores de El Origen de las Especies.

La epigenética funciona controlando la expresión de genes, es decir, determinando qué genes se transcriben o activan, en efecto qué genes se activan y cuáles se desactivan. Estos controles epigenéticos sobre la expresión génica pueden ser determinados por factores ambientales. Las alteraciones pueden o no ser hereditarias, aunque el uso del término "epigenético" para describir procesos que no son heredables es controvertido. A diferencia de la genética basada en cambios en la secuencia del ADN (el genotipo), los cambios en la expresión génica o el fenotipo celular de la epigenética tienen otras causas.
Aquí hay algunas excelentes presentaciones de vídeo sobre la epigenética dadas por Nessa Carey, ex Lecturer Senior en Biología Molecular en el Imperial College de Londres:

                                                  [video 1 no disponible]

                                                 Como compensación (español) :

                                                                ( Ingles)

                                                        (Español)
                                               


                                                (Ingles)
        

Aunque la línea germinal está separada del resto del cuerpo, o células de soma, durante el desarrollo temprano en la mayoría de los animales, después de esto, parece que los cambios en las células del cuerpo pueden afectar a las células germinales. Recientemente, los investigadores han demostrado que los efectos ambientales en los tejidos corporales (neuronas) de la lombriz pueden tener un efecto en los genes de múltiples generaciones a través de las acciones de lo que se llama no codificante RNAs. Como dice James Shapiro:

"... el ARN sin codificación proporciona una interfaz molecular entre los eventos de la historia de vida y la alteración del genoma".

Aparte: ADN Basura / ARN Basura: Recuérdese que el ARN es la molécula que se transcribe del ADN en un proceso llamado transcripción. La transcripción es el primer paso en la producción de proteínas. El segundo paso es la traducción. Durante décadas se ha sabido que sólo una pequeña fracción del ADN codifica proteínas. El resto del ADN ha sido denominado "ADN basura". El término ADN basura es, sin embargo, cada vez más desafiado por las nuevas investigaciones. De hecho, los hallazgos del proyecto ENCODE muestran que al menos el 80% del ADN se transcribe y tal vez todo de él una vez que se investiguen todos los tipos celulares en el genoma humano. Este hallazgo está causando un gran revuelo y es el tema de un debate muy amargo y polémico con los investigadores de ENCOCDE y la gente de Diseño Inteligente alegando que el ADN basura no es en realidad basura y los ultra-darwinistas (negros darwinistas) por el otro. Un ultra-Darwinista, el biólogo Dan Graur, ha tratado de cerrar el proyecto ENCODE e incluso afirmó que "si ENCODE tiene razón (sobre una variedad de cosas, especialmente el ADN basura) entonces la evolución es errónea". Hace mucho tiempo sugirió que todo o la mayor parte de lo que se ha llamado ADN basura demostrará ser útil de alguna manera. Michael Denton, por ejemplo, en su libro de 1999 Nature's Destiny, dijo que si el ADN basura es realmente basura, "entonces toda mi teoría se desmorona". Con cada semana que pasa hay más y más investigaciones revelando que los segmentos de ADN llamado basura están produciendo ARNs no codificantes que tienen funciones reguladoras muy importantes. Los ultra-darwinistas han reconocido que los hallazgos de ENCODE de que el 80 por ciento del ADN se transcribe es probablemente cierto, pero ahora están sugiriendo que gran parte de los transcritos de ARN resultantes (los ARN no utilizados para la fabricación de proteínas) es "ARN basura. "Los ultra-darwinistas han invertido demasiado para admitir que todo el ADN es realmente útil. Algunos de los ARN basura a los que se están refiriendo son estos ARN no codificantes que parecen estar involucrados en la epigenética. Otro ARN no codificante parece estar involucrado en una serie de papeles reguladores. Ha habido más de 2000 micro ARNs identificados en seres humanos que interfuncionan con ARN mensajeros (los ARNs que llevan una transcripción de ADN al ribosoma para la fabricación de proteínas.) Pero muchos de los microARNs son regulados como parte de la epigenética.

Los investigadores han descubierto que el ARN móvil no codificante puede viajar de las células del cuerpo a las células germinales. Parece que hay algunas variedades de ARN no codificantes involucrados: microARNs y ARN de doble cadena. Ambas variedades son hebras cortas de sólo una docena de nucleótidos. Estos ARN móviles entran en la línea germinal y efectúan la información reguladora específica del gen adquirida de las células somáticas. Y estos cambios pueden ser heredados a través de generaciones. Este es un mecanismo por el cual el medio ambiente provoca efectos transgeneracionales en los animales.

Así como el ARN mensajero (ARNm) que transporta información genética al ribosoma (la máquina molecular que fabrica proteínas en el proceso llamado traducción), el ARN no codificante transporta información epigenética a otras células ya la siguiente generación.

Hay múltiples modificaciones dinámicas que regulan la transcripción de genes de una manera sistemática y este proceso se refiere a menudo como el "código de histonas". Los mecanismos que producen tales cambios son la modificación de las histonas y la metilación del ADN. Estas funciones alteran la forma en que se expresan los genes pero no afectan al ADN subyacente. (Las histonas son las proteínas que el ADN se enrolla alrededor para crear el hetrochrome compacto de un cromosoma.) Mediante la modificación de los aminoácidos en las proteínas histonas, la forma de la histona se cambia y como resultado el acceso a los genes que han sido heridos alrededor de la histona Pueden ser reprimidos o promovidos.

Hay varias maneras en que la histona puede ser modificada. Las formas más comunes y las más estudiadas son la metilación y la acetilación. Las modificaciones de la acetilación funcionan como un sistema para reprimir o promover la expresión génica.




La acetilación histona da lugar a un empaquetamiento suelto de los nucleosomas. Los factores de transcripción pueden unirse al ADN y los genes se expresan.

Los neodarwinistas, después de negar que la adaptación epigenética existía, porque era inconsistente con la teoría de muchas maneras, están ahora, en efecto, tratando de cooptarla. Pero la epigenética es claramente no-darwiniana por varias razones.

El cambio neodarwiniano se propaga a través de la población a partir de una sola mutación que ocurre en un solo individuo mientras que la epigenética trabaja en muchos individuos a través de una población.

Los cambios epigenéticos resultan en una mejora de la condición física pero no bajo la condición presente del organismo.

La ventaja que proporciona la epigenética es para alguna condición imprevista en el futuro. Por lo tanto, no hay razón para pensar que una infraestructura epigenética podría haber sido construida por selección natural porque no habría mejora incremental a seleccionar.

A diferencia de los cambios evolutivos, que no son inducidos por el medio ambiente, los cambios epigenéticos resultan de los efectos del medio ambiente. Debido a esto, el cambio evolutivo a través de la epigenética no es aleatorio y es repetible.

Es importante destacar que, en términos de información específica compleja, claramente, el mecanismo para capturar cambios en las células de soma y transportarlas a células germinales es exquisitamente complejo. El descubrimiento de la epigenética requiere que los darwinistas expliquen otra nueva y vasta capa de complejidad que sólo estamos empezando a comprender.


Epigenética suena mucho como un plan puesto en marcha por un diseñador inteligente para garantizar la adaptabilidad en un mundo en flujo.

Denis Noble, biólogo británico de la Universidad de Oxford y uno de los pioneros de la Biología de Sistemas, resume la epigenética en la siguiente declaración:


"La evidencia disponible no sólo sugiere una interacción íntima entre herencia genética y epigenética, sino también que esta interacción puede implicar la comunicación entre el soma y la línea germinal. Esta idea contraviene la llamada barrera de Weismann, a veces denominada Segunda Ley de la Biología, que se basa en evidencia frágil y un deseo de distanciar la evolución darwiniana de la herencia lamarckiana en el momento de la Síntesis Evolutiva Moderna. Sin embargo, la creencia de que el soma y la línea germinal no se comunican es evidentemente incorrecta. "


El descubrimiento de que los rasgos adquiridos podrían ser heredados fue una sorprendente sorpresa para los biólogos evolucionistas. Denis Noble pregunta entonces retóricamente:

"Entonces, ¿qué salió mal en mediados del siglo XX que nos extravió durante tanto tiempo [con respecto a la epigenética y la aleatoriedad]? La respuesta es que desde los experimentos de la barrera de Weismann en 1893 (que en realidad eran experimentos muy crudos) hasta la formulación del dogma central de la biología molecular en 1970, se reclamó demasiado para los resultados experimentales pertinentes y se afirmó demasiado dogmáticamente.


Noble continúa comentando que el apreciado biólogo y geneticista evolucionista teórico británico, Maynard Smith estaba al tanto de las pruebas experimentales hace una década que llamaron al Dogma Central para cuestionar, Noble pregunta:

"Entonces, ¿por qué, dada su admisión extraordinaria (pero completamente correcta), Maynard Smith no revisó su visión de los mecanismos de la evolución? La razón que dio en 1999 fue que "es difícil concebir un mecanismo por el cual podría ocurrir; esto es un problema.'"

Fuente: http://www.urantia.org/study/seminar-presentations/is-there-design-in-nature#Materialist-Explanations

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